Page 145 - Korniy_dyser

145

– оптимізації геометрії з обмеженнями (мінімізація і перехідний стан);
– автоматичного розрахунку перших і других чисельних похідних;

– нормального режиму коливального аналізу в декартових
координатах;

– ONIOM гібридних розрахунків;
– COSMO розрахунків;

– розрахунку електростатичного потенціалу відповідно до

конфігурації атомних часткових зарядів;

– розрахунку електронних переходів.

Ефективність і точність цього методу роблять його найбільш

прийнятним першопринципним методом для модельного вивчення складних

молекул, рідин і металевих систем. Метод використовують для розрахунків

вільної енергії, пошуку глобального мінімуму, точного моделювання

сольватованих молекул і моделювання складних коливальних мод, які не

можна описати гармонічними наближеннями. Модуль молекулярної

динаміки програми NWChem може виконувати класичні розрахунки,

використовуючи AMBER та CHARMM силові поля, квантово-динамічні

розрахунки, застосовуючи вищенаведені квантово-механічні методи, що

розраховують градієнти; комбіновану квантово-механічну молекулярну

динаміку та молекулярно-механічну мінімізацію енергії.

Комп’ютерні програми NWChem 6.1, ORCA 2.8 та DL_POLY

встановлені на розрахунковий кластер ФМІ НАН України, характеристики,

якого наведені в таблиці 2.7.

Для порівняння використаного часу розраховували кубооктаедричні

симетричні нанокластери платини, паладію та золота залежно від їх розмірів.

Як видно з рис. 2.23 час розрахунку експоненційно зростає для

нанокластерів, які мають 55 атомів. У цьому випадку для проведення

оптимізації таких нанокластерів потрібно близько 8–9 годин комп’ютерного

часу розрахункового кластера.